Οι πολυήρεις ήταν νέοι (για τότε) τύποι κωπήλατων πολεμικών πλοίων που εμφανίστηκαν από τον 4ο αιώνα π.Χ. στη Μεσόγειο Θάλασσα, εκτοπίζοντας (σταδιακά και εν μέρει) τις τριήρεις και αλλάζοντας τη ναυτική πολεμική τέχνη.
Τα πλοία έγιναν αυξανόμενα μεγαλύτερα και βαρύτερα, συμπεριλαμβάνοντας μερικά από τα μεγαλύτερα ξύλινα πλοία που έχουν ποτέ κατασκευαστεί. Δεν είναι σαφές πότε ακριβώς και πού πρωτοεμφανίστηκαν.
Είναι γνωστό, ωστόσο, ότι κάποια τέτοια πολεμικά (πεντήρεις) περιέχονταν στο στόλο των Συρακουσών επί τυράννου Διονυσίου Α΄, καθώς και στον Περσικό στόλο (έως οκτήρεις) κατά την εκστρατεία του Μεγάλου Αλεξάνδρου. Κάποια τέτοια πολεμικά (εξήρεις και επτήρεις), από τη Σιδώνα και την Κύπρο, προστέθηκαν στο στόλο του μεγάλου στρατηλάτη κατά την πολιορκία της Τύρου.
Αυτές οι ναυτικές εξελίξεις εξαπλώθηκαν (κυρίως) στην Ελληνιστική Εγγύς Ανατολή, αλλά επίσης επεκτάθηκαν και σε ένα μέρος των στόλων των ναυτικών δυνάμεων της Δυτικής Μεσογείου, ειδικότερα της Καρχηδόνας και της Ρώμης. Ενώ τα πλούσια βασίλεια των Διαδόχων του Μεγάλου Αλεξάνδρου έχτιζαν ήδη τεράστιες πολυήρεις, η Καρχηδόνα και η Ρώμη, στους μεταξύ τους (Καρχηδονιακούς) πολέμους, βασίζονταν σε μεσαίου μεγέθους σκάφη, όπως οι τετρήρεις και οι πεντήρεις.
Κατά την ίδια χρονική περίοδο, οι μικρότερες ναυτικές δυνάμεις και οι πειρατές χρησιμοποιούσαν στόλους από μικρότερα και ταχύτερα σκάφη. Μετά την εγκαθίδρυση της πλήρους Ρωμαϊκής Ηγεμονίας στη Μεσόγειο, και ειδικότερα μετά από τη Ναυμαχία του Ακτίου, η (τότε) νεογέννητη Ρωμαϊκή Αυτοκρατορία δεν είχε πλέον να αντιμετωπίσει μεγάλες ναυτικές απειλές.
Έτσι, από τον 1ο αιώνα μ.Χ., υπήρχαν (πλέον) ελάχιστες πολυήρεις (και ακόμη αργότερα μόνο τριήρεις ή τετρήρεις) που εξυπηρετούσαν ως ναυαρχίδες, ενώ τα υπόλοιπα πλοία του αυτοκρατορικού στόλου σταδιακά αντικαταστάθηκαν από ελαφρές λιβύρνες, σε μια αρνητική εξέλιξη της ναυτικής τεχνολογίας, ώσπου κατά την Ύστερη Αρχαιότητα χάθηκε η απαραίτητη γνώση για την κατασκευή πολυηρών, με εξαίρεση, ίσως, κάποιους από τους δρόμωνες του βυζαντινού ναυτικού.
